聖保羅男女中學校董會慈善信託基金 (「聖保羅慈善信託基金」或「信託基金」)於 1999 年 1 月成立,特別為接受捐贈予聖保羅男女中學及附屬小學之善款而設。此信託基金為香港稅務條例第 88 條豁免繳稅之慈善團體,因此捐款人士可將捐贈予聖保羅慈善信託基金之善款,申請扣稅。信託基金現時的信託人如下。